IgA肾炎发病机理并未阐明。由于IgA肾炎病人皮肤和肝脏中都能检测到IgA沉积,提示为系统性疾病。由于在肾小球系膜区和毛细血管均可有颗粒状IgA和C3沉积提示其免疫复合物性发病机理。现时的研究围绕着抗原通过粘膜的能力、粘膜屏障是否存在缺陷;IgA结构是否有缺陷和免疫调节功能是否有缺陷等方面展开早年的研究曾提示IgA肾炎所沉积的IgA可能是粘膜源性的。
然而近年的研究使用了高度专一性的技术,证实IgA肾炎所沉积的是IgA1,主要是系统源性的主要由骨髓和淋巴系统所产生;粘膜源性的IgA2则主要见于肝源性肾小球硬化症中的IgA沉积中在IgA肾炎病人循环中也可见到总IgA1和含IgA1的免疫复合物增高,骨髓中产生IgA1的浆细胞增多并形成多聚体为主。在IgA肾炎的肾组织中可发现存在J链故提示沉积的IgA是多聚体;而分泌块则十分罕见。尽管如此现有资料尚不能最终确定IgA肾炎的IgA沉积物的来源。
有证据提示IgA肾炎存在免疫调节异常。IgA肾炎的含IgA1循环免疫复合物中,发现有多聚的IgA1类风湿因子;抗α重链Fab片断的IgG抗体增多而IgM抗体减少。有趣的是HIV感染者也存在类似的抗免疫球蛋白模式,却不发生肾脏IgA沉积。这证明单单这些循环的自身抗体存在,并不是系膜IgA沉积的原因。此外还发现了二种抗内皮细胞的自身抗体(属IgG)。IgA肾炎肾组织中常有C3沉积,提示激活了补体旁路途径然而IgA本身无激活补体的能力,IgA免疫复合物虽可激活补体旁路途径,但它结合补体和C3b的能力很弱。通常认为在肾脏发生补体激活和形成膜攻击复合物,需有IgG-IgA复合物但是IgA肾炎肾组织中有IgA和C3沉积而没有IgG或IgM沉积却很常见。