甲型肝炎一般来说预后很好,较易恢复,是一种自限性疾病。在托儿所和幼儿园中,感染甲型肝炎的儿童出现临床症状者不多,发生暴发性肝功能衰竭等症者更少。回顾数据表明,临床黄疸症状及病死率均随年龄增长而上升,儿童低于青壮年,更低于老年人。目前绝大多数学者认为,甲型肝炎少数病例虽可发生临床、生化指征的迁延复发,病理检查的慢性化,但不会成为慢性肝病。唯6个月以内的幼婴发生甲型肝炎者病情较重,死亡率明显高于年长儿。有报道住院的半岁以内甲型肝炎占儿童甲型肝炎重型的70百分号,病死率约50百分号左右;另外老年人(60岁以上)的甲型肝炎患者发生重型和并发症的也多,病死率10百分号,但无论老幼,由甲型肝炎引起肝硬变者甚罕见。
但甲型肝炎病毒可见于肠道再感染,排毒时间可长达3个月。若形成抗原抗体复合物则从粪便中排毒时间会更长。这种肠道局部感染只引起一种肠粘膜表面分泌性免疫球蛋白A(IgA)抗体产生,而无全身感染,血清抗体IgG仍然为阴性。这样一来,若再次感染甲肝病毒可急性再发病。